Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis asuva keskkonna- ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsiooni korralduse ja kasutamise eeskiri
1. Üldsätted
Keskkonna- ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsioonis, akronüümiga CELMS (Collection of Environmental and Laboratory Microbial Strains), sisalduvad mikroobitüved on isoleeritud peamiselt Eesti erinevate saastunud piirkondade vee- ja pinnaseproovidest ning erinevate Läänemere piirkondade mikrobioota proovidest. Kogus esindatud mikroobid on kogutud põhirõhuga biodegradatiivsete ja kasulikke ühendeid tootvate mikroobide kogumisele. Kogusse on lisatud ka laboratoorselt selekteeritud ja/või konstrueeritud kindlate iseloomulike omadustega mikroobitüved. Kollektsioon CELMS on asutatud 1995. aastal. Alates 2008. aastast on kollektsioon registreeritud WFCC-MIRCEN (World Federation of Culture Collections, World Data Centre for Microorganisms) juures (registreerimise number 926). CELMS on ECCO (European Culture Collections' Organisation) liige. Kollektsiooni finantseeritakse Haridus- ja Teadusministeeriumi poolt. Kollektsioon asub Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Tartu 51010, Riia 23, Eesti). Kogu kasutamine toimub vastavalt eeskirjadele, mille leiate siit veebilehelt. Kollektsiooni kataloog on avalikult kättesaadav EEMB (Eesti Elektroonilise Mikroobide andmeBaasi) veebilehel http://eemb.ut.ee/ nii eesti kui inglise keeles.
2. Erisätted
Keskkonna- ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsioon CELMS on loodud eesmärgiga soodustada mikrobioloogilist teadustööd, eelkõige seoses võimalustega kasutada mikroobitüvesid mikrobioloogiatööstuses ning biotehnoloogilises ettevõtluses, ka keskkonnabiotehnoloogilised rakendused keskkonnareostuse alandamiseks, teisalt aga säilitada mikroobitüvesid rahvusliku rikkusena. Kuivõrd siin on tegemist geneetilise ressursiga tegeleva mikroobide rahvuskollektsiooniga, siis järgib teaduskollektsioon Nagoya protokollist tulenevaid nõudeid. Nagoya protokoll reguleerib juurdepääsu geneetilistele ressurssidele ja nende kasutamist.
Kollektsioon on käsitletav kahes erinevas kataloogide formaadis:
1) Kindlate eriomadustega mikroobitüved, mis on põhjalikult geneetiliselt ja mikrobioloogiliselt iseloomustatud, mille teadustööga saadud tulemused on publitseeritud ja info millede kohta on kättesaadav EEMB kodulehel ning mis on rahvusvaheliselt avatud avalikuks kasutuseks (tüvede tellimine, tasuta saatmine vastavalt reeglistikule);
2) Mikroobitüved, mis on kollektsiooni osaks, kuid mille avalik kasutus omab eripiiranguid lähtuvalt eelkõige autoriõigustest (Budapest Treaty, World Intellectual Property Organization (WIPO)) ning mis lülitatakse avalikku kataloogi pärast piirangutest vabanemist (patendinõuded, autoriõigused, publitseerimistingimused jms).
Esimesena nimetatud kollektsiooni säilitamise ning andmebaasi ja kataloogi nõuetekohase haldamise ja kasutamise eest vastutavad kollektsiooni haldur ja kollektsiooni kuraator. Teisena märgitud mikroobitüvede kohta on koostatud mikroobitüvede üldkataloog, mis säilitatakse TÜ serveris kasutajaõigusega kaitstud kettal (\\albert.domenis.ut.ee). Vastavad mikroobitüved on mikroobikollektsiooni CELMS osaks, kuid nende säilitamise eest vastutavad vastavate mikroobitüvedega töötavad uurijad kuni nende kandmiseni avalikku mikroobitüvede kataloogi. Vastavat bioloogilist materjali säilitatakse infobaasis (kataloogis) kodeeritult, kooskõlas seadusaktidega.
Ülalesitatud süsteem on tingitud ka asjaolust, et mikrobioloogiliselt ja geneetiliselt iseloomustamata ja eriomaduste selgitamiseta pole mikroobitüvede väärtus määratletav ja nad on väärtusetud avalikuks kasutuseks.
CELMS on mikroobitüvede tellimiseks ja vabaks kasutuseks avatud mittekommertsiaalseks tegevuseks. Soov kollektsiooni mikroobitüvesid kasutada ärilistel eesmärkidel reguleeritakse läbi mikroobitüvede isoleerijate ja iseloomustajate autoriõiguste Tartu Ülikoolis kinnitatud reeglistiku alusel, lähtudes EV vastavatest seadusaktidest.
3. Kollektsiooni komplekteerimine ja struktuur
Kollektsiooni moodustavad teadustöö käigus kogutud, ostetud või annetatud mikroobitüved ja laboratoorselt selekteeritud/konstrueeritud mutantsed mikroobitüved ning digitaalsesse andmebaasi talletatud informatsioon.
CELMS kollektsiooni uute säilikute lisandumisel avalikku kataloogi sõlmitakse mikroobitüve isoleerija/iseloomustaja ja kollektsiooni halduri vahel materjalide üleandmise leping (Material Transfer Agreement, MTA), milles on märgitud üleantava mikroobitüve spetsiifilised eriomadused (nt võime lagundada teatud kemikaali,
ravimiresistentsus, plasmiidide olemasolu jms) ning üld- (isoleerimise koht, liigiline kuuluvus 16SrRNA geeni järjestused jms, liigilise kuuluvuse näitajad) ja eriinformatsioon (nukleotiidijärjestused ja nende deponeerimine andmebaasidesse), samuti andmed mikroobitüve avalike publikatsioonide kohta või hõivatus patentidega. Lepingud allkirjastatakse ja arhiveeritakse.
Kollektsiooni haldamiseks on kasutusel tarkvara dbForge Studio for MySQL. Edasiselt nähakse ette kollektsiooni andmebaasi internetipõhine ühildamine Eesti e-Elurikkuse (http://elurikkus.ut.ee/ andmebaasiga Eesti teaduse teekaardi aktiivsusena. See on vajalik selleks, et kollektsiooni andmebaas säilitatakse digitaalselt mitme koopiana, mis asuvad erinevates arvutites ja serverites.
CELMS kollektsioon koordineerib ja koondab andmed ka kõigi teiste Eestis säilitatavate ja kasutatavate mirkoobitüvede kohta, eelkõige lähtuvalt Ülemaailmse Põllumajandusorganisatsiooni (FAO) koordineeritavale Nagoya protokollist tulenevate geneetiliste ressursside kui rahvusliku rikkuse säilitamise nõuete täitmisest.
Kuivõrd CELMS kollektsioon ei sisalda inim- ja loompatogeenseid mikroobitüvesid, siis pole eesmärgiks iga säilik varustada unikaalse ID-koodiga, mis koosneks kollektsiooni akronüümi ja numbri kombinatsiooni. Kollektsioon asub TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23-114, Tartu 51010).
4. Säilikute hoidmine ja säilivuse kontroll
Säilikuid (mikroobitüvesid) hoitakse -80°C juures mitmes korduses, mis on paigutatud erinevatesse külmikutesse. Isoleeritud tüvesid säilitatakse spetsiaalsetes säilitusviaalides. Säilitustingimusi (külmikute temperatuuri ja külmikute jooksva hoolduse teostamist) jälgivad kollektsiooni eest vastutavad töötajad. Külmikud on varustatud külmikute häire edastusseadmega. Häire korral saadab seade vastava sõnumi eelnevalt kindlaks määratud isikute mobiiltelefonile. Hoidlaruumide häireolukordadest teavitamine ning tegutsemise kord häireolukordades on kooskõlastatud ülikooli turvateenistusega.
Kollektsiooni säilitatakse suletud külmikutes. Juurdepääs kollektsioonile on ainult selleks volitatud isikul (halduril), tema puudumisel (puhkus, lähetus jms) määratakse asendaja. Kolmandatel iskutel on juurdepääs ja säilituskohustus kollektsiooni nn kinnisele osale, mikroobitüvedele, millede omadusi uuritakse ning mis pole veel üle antud CELMS kollektsiooni avalikku kataloogi.
5. Säilikute kasutamine ja väljalaenutamine
Kollektsioonis säilitatavad mikroobitüved ning kogu informatsioon nende kohta on instituudisiseselt vabalt kättesaadav (teaduslikeks uuringuteks). Teistele Tartu Ülikooli instituutidele, samuti muudele osapooltele teaduslikeks uuringuteks (mittekommertsiaalseks tegevuseks) väljalaenutamise aluseks on materjalide üleandmise leping (Material Transfer Agreement, MTA). Lepingu allkirjastamiseks palun pöörduda kollektsiooni meeskonna poole. Need lepingud arhiveeritakse.
