Tartu Ülikooli mikrobioloogia instituudis asuva teaduskollektsiooni

Inimese Mikrobioota Biopank

korralduse ja kasutamise eeskirjad

1. Üldsätted

Inimese Mikrobioota Biopank (HUMB) on teaduskollektsioon, mis sisaldab inimpäritolu mikroobitüvesid (sh mikrobioota baktereid ning oportunistlike infektsioonide tekitajaid) ja inimese mikrobioota näidiseid. Biopank on loodud eesmärgiga toetada ja edendada teadustegevust inimese mikroobide ja nende koosluste kohta käiva informatsiooni kogumisel, töötlemisel, säilitamisel ja kättesaadavaks tegemisel, samuti probiootikumide arenduse eesmärgil.

Kollektsioon toetub oma töös vastava valdkonna rahvusvaheliste organisatsioonide soovitustele ? ECCO (European Culture Collections' Organization), WFCC (World Federation of Culture Collections), CABRI (Common Access to Biological Resources and Information), samuti OECD Hea Tava eeskirjadele (Best Practice Guidelines for Biological Resource Centre) ning ülikoolisisestele õigusaktidele. Kuivõrd siin on tegemist geneetilise ressursiga tegeleva mikroobide rahvuskollektsiooniga, siis järgib teaduskollektsioon Nagoya Protokollist tulenevaid nõudeid, mis reguleerivad juurdepääsu geneetilistele ressurssidele ja nende kasutamist.

Kollektsioon on registreeritud WDCM (World Data Centre for Microorganisms) juures kui WFCC Estonian Human Microbiota Biobank (kollektsioon nr. WDCM 977, akronüüm HUMB).

Info kollektsiooni kohta on kättesaadav Eesti Elektroonilise Mikroobide andmeBaasi (EEMB) veebilehel nii eesti (http://eemb.ut.ee/) kui inglise keeles (http://eemb.ut.ee/eng).

Kollektsiooni baasil tehakse teadustööd ja antakse formaalharidust (sh. kraadiõpe). Kollektsioon on kasutamiseks avatud TÜ mikrobioloogia instituudi teadlastele ning kokkuleppel kollektsiooni juhiga ka teistele erialateadlastele, kellele see töö või õppe jaoks vajalik on. Kollektsiooni kataloog on avalikult kättesaadav kollektsiooni kodulehel.

2. Kollektsiooni komplekteerimine ja struktuur

Kollektsiooni moodustavad teadustöö käigus kogutud, ostetud või annetatud mikroobitüved ja mikrobioota näidised ning digitaalsesse andmebaasi talletatud informatsioon.

Kollektsiooni arvelevõtu ja säilitamise eesmärk on tagada selle kättesaadavus teadus-, arendus- ja õppetööks (sh. kraadiõpe).

Kollektsiooni uute säilikute lisandumisel sõlmitakse  materjalide üleandjaga leping, milles on märgitud  üleantavate materjalide (tüved, mikrobioota näidised)  arv, samuti projekt, mille  raames materjal koguti, finantsallikas,  töö teostajad ja piirkond, kust materjal koguti. Lepingud allkirjastatakse ja arhiveeritakse.

Kollektsiooni haldamiseks on kasutusel tarkvara dbForge Studio for MySQL Professional põhjal loodud andmebaas, mis sisaldab mitmesugust infot säilikute kohta, sh säilituse andmed (vorm, aeg, asukoht, järgmine kontroll), päritolu (riik, materjal, annetaja), identifikatsiooni meetodid ja tulemused, määratud omadused, teostatud loom- ja kliinilised katsed, publikatsioonid (patendid, artiklid, väitekirjad).

Kollektsiooni andmebaasi hoitakse digitaalselt mitme koopiana, mis asuvad erinevates arvutites. Perioodiliselt tehakse andmebaasist väljatrükke.

Kollektsiooni täienemisel kantakse info uue säiliku kohta digiarhiivi andmebaasi. Samuti täiendatakse andmebaasi olemasolevate säilikute kohta uue info laekumisel. Andmebaasi sissekannete tegemist teostab kollektsiooni haldur, kes kogub vajaliku info teistelt kollektsiooni töötajailt, uurijailt ja kraadiõppureilt.

Igal säilikul on unikaalne ID-kood, mis koosneb kollektsiooni akronüümi ja numbri kombinatsioonist.

Tüvede säilitamisel on kohustuslik märkida: georaafiline piirkond, kust tüvi pärineb; kuupäev, millal tüvi lisati kollektsiooni ning isik, kes lisas tüve kollektsiooni (EU Regulation No 511/2014).

Mikrobioota säilikute puhul on kohustuslik märkida: materjal; doonori kliinilised andmed; geograafiline piirkond; kuupäev, millal materjal lisati kollektsiooni ja isik, kes materjali kollektsiooni lisas.

Kollektsiooni ja andmebaasi nõuetekohase kasutamise ja hoidmise eest vastutab kollektsiooni haldur.

Kollektsioon asub Biomeedikumis TÜ mikrobioloogia instituudi ruumes (Ravila 19, Tartu 50411).

3. Säilikute hoidmine ja säilivuse kontroll

Säilikuid (mikroobitüvesid, mikrobioota näidiseid ning nendest eraldatud DNA-d) hoitakse -80 oC juures mitmes korduses, mis on paigutatud erinevatesse külmikutesse. Isoleeritud tüvesid säilitatakse spetsiaalsetes säilitusviaalides (keemiliselt töödeldud helmed krüolahuses) või steriilsetes krüoviaalides SKIM-milk säilitussöötmes.   Osa tüvesid säilitatakse paralleelselt ka lüofiliseerituna +4 oC juures.

Kollektsiooni säilitatakse lukustatud külmikutes. Juurdepääs kollektsioonile on ainult selleks volitatud isikul, tema puudumisel (puhkus, lähetus jms) määratud asendajal. Kolmandatel iskutel juurdepääs kollektsioonile puudub.

Säilitustingimusi (külmikute temperatuuri ja külmikute jooksva hoolduse teostamist) jälgivad kollektsiooni eest vastutavad töötajad. Külmikud on varustatud külmikute häire edastusseadmega. Häire korral saadab seade vastava sõnumi eelnevalt kindlaks määratud isikute mobiiltelefonile.

Hoidlaruumide häireolukordadest teavitamine ning tegutsemise kord häireolukordades kooskõlastatakse ülikooli turvateenistusega.

Mikroobitüvede säilimist kontrollitakse olenevalt mikroobi liigist 3-5 aasta järel.

Proove käideldakse ja  utiliseeritakse vastavalt määrusele "Nakkusohtliku materjali käitlemise kord" (31.10.2013 nr. 119, RTL 2003, 115, 1831).

Bioloogilist materjali säilitatakse kodeeritult vastavalt Euroopa Nõukogu määrusele (Recommendation Rec(2006)4 of the Committee of Ministers of member states on research on biological materials of human origin).

4. Kollektsiooni kasutamine ja eksponeerimine

Kollektsioonis olevad säilikud ja nende kohta kogutud informatsioon on kättesaadav akadeemiliseks uurimistööks instituudisiseselt ja TÜ Kliinikumi Ühendlabori mikrobioloogia osakonna teadlastele. Andmete kasutamine toimub kokkuleppel kollektsiooni juhi ja kogusse mikroobitüvesid ja uurimistöö andmeid üle andnud teadustöötajatega.

Väliskasutajatele on kollektsioon avatud mikroobitüvede tellimiseks ja vabaks kasutuseks mittekommertsiaalsetel eesmärkidel.

TÜ teistele allüksustele toimub mikroobitüvede üleandmine materjali üleandmise lepingu alusel. Lepingud allkirjastatakse ja arhiveeritakse. Koostöö tulemuseks on ühispublikatsioonid, dissertatsioonid, patendid.

Asutusevälistele uurijatele on kollektsiooni mikroobitüved kättesaadavad akadeemilise uurimistöö eesmärgil teaduskoostöö lepingute raames ning vastavalt sõlmitavale materjalide üleandmise lepingule (MTA, material transfer agreement), mille koostab Tartu Ülikooli teadus- ja arendusosakond.

Kollektsiooni mikroobitüvesid antakse kolmandatele isikutele ärilisel eesmärgil kasutamiseks ülikooli ja kasutaja vahel sõlmitud lepingu alusel.“

Koostööpartneritele probiootikumide arenduseks ja patenteerimiseks üle antud tüvesid kollektsioonis säilitatakse, kuid ei kasutata ülikooli poolt teistes projektides ega anta kasutada kolmandatele isikutele.